公府召集特别会议，决定由公府颁布命令：一、特任徐树铮为远威将军；二、免去徐树铮西北筹边使职务，留京供职；三、西北边防总司令一缺着即裁撤，其所部由陆军部接收。
安福系对徐世昌的三项命令表示愤愤不平，既除免去徐树铮职务，也要求惩办吴佩孚。徐树铮认为：徐世昌此举，并非针对他个人，而是助直排皖，削夺段祺瑞兵权一徐树铮向段诉说：“树铮之滥借巨款，编练重兵，甘为天下之不韪，无非为督办计耳，今总统惑于金壬，免去树挣之职，是欲排去皖系也，排皖系即是排督办，树挣一身不足惜。其如督办一身之威名扫地耶？”说罢痛哭不已。经徐树铮这一激，段祺瑞压不住心中怒火，气冲冲起来说：“吾与东海有数十年之交往，故于改选时，愿与河向（冯国璋）同时下野，而以元首之位让之，何意彼年老昏聩，竟出此非法之举动。彼既不念前情，老夫亦顾不得面子，今日誓不与之甘休。”
段一向刚愎自用，脑子发热，忘乎所以，不顾皖系在政治上和军事上所处的不利地位，7月5日，段以边防督办名义对边防军作紧急动员，鼓励边防军官兵奋勇作战，说：如果这一仗不能打胜，不但他个人失败，边防军也不能存在，全体官兵的命运将不堪设想。段对边防军的紧急动员，引起京城人心惶惶，直、皖两系要在京城打仗，达官贵人纷纷出京避难，使馆界内、外国饭店又告客满。
7月6日，徐世昌又请张作霖到团河再作最后一次的努力。当天张作霖到团河去见段，这天段的火气很大。咆哮着说：“罢免吴佩孚，万事皆休，”张说：“这怕办不到吧！”段咬牙切齿地说：“办不到也得办，你办不到，我一定要办到。”徐树铮对张作霖伙同徐世昌免去他的职务非常愤怒，把仇恨集中在张作霖身上，徐以假接电话为名，将段叫出，说要杀掉张作霖，段虽刚愎自用，但不是不计后果的人，不赞成徐的做法。段返回座席，机警的张作霖，一眼看出段的神色异常，知事不妙，借口溜出团河，午夜1时，未与任何人作别，悄悄离开北京，在军粮城宣布“局外中立。”
7月8日，段祺瑞由团河回到北京，在将军府召集军政要人举行联席会议，靳云鹗等均到席，出席人员约800余人。会议决定：呈请大总统将曹锟、吴佩孚褫夺官勋，交段拿办。会议还任命段芝贵为京师戒严总司令，吴炳湘为副司令。10日，段在团河成立定国军总司令部，段自任定国军总司令，徐树铮为总参谋长。
免曹锟等人的呈文，交代总理萨镇冰转呈大总统徐世昌，徐不同意惩办曹吴，希望和平解决。段这时根本不把徐放在眼里，遂派重兵包围公府，进行胁迫，限晚8时盖印，徐世昌无可奈何，下令免去吴佩孚第三师师长，褫夺陆军中将及所得的勋位，交陆军部依法惩办，曹锟褫职留用，以观后效。
围绕徐树铮和曹、吴免职问题的激烈斗争，直皖战争已不可避免，双方都在积极备战。段决定派五个师，划分三个战区，以京奉路一带为东路，以固安一带为中路，以琉璃河至高碑店一带为西路。段芝贵兼第一路司令、曲同丰为第二路司令兼前敌司令、魏宗瀚为第三路司令。9日，陈文运的第三师开赴廊坊，魏宗瀚的第九师、李进才的第十三师、刘询的第十五师向芦沟桥、长辛店、琉璃河一带进发。
直系吴佩孚在河南的部队也向北开拔，到达高碑店，留驻郑州部队严密监视在洛阳的西北边防军一、四两旅的行动。曹锟的部队也由保定开赴高碑店。9日，曹锟在天津举行誓师典礼，所率部队为讨逆军，设大本营于天津。前线司令部设在高碑店，任命吴佩孚为前线总司令兼西路总指挥、王承斌（第一混成旅旅长）驻郑州为后路总指挥。
7月9日，张作霖由军粮城回到奉天，10日致电段祺瑞，劝段勿袒护徐树铮。
同时，张作霖通电全国，宣布派兵入关，决心加入直系倒皖战争的行列。11日，召集吉林督军鲍贵卿、黑龙江督军孙烈臣、关内奉军总司令张景惠及二十九师师长吴俊升等在奉天巡阅使署开会，决定由二十七师、二十八师各派一旅入关，保护京奉路。同一天，曹锟致电张作霖，希望在对皖战争中得到奉军的支持。11日，张作霖致电曹锟，说他已派遣第二十八师先行进关，派张景惠为关内奉军总司令。直军和进关奉军总计约有七、八万人。可以应付东西两线的战争，并向曹锟保证：“我辈骨肉至交，当此危急存亡关头，不能不竭力相助。”