皖系和反皖同盟斗争的另一个至关重要的问题是吴佩孚从湖南前线撤军，引起直、皖两系斗争更趋尖锐。1918年6月，段祺瑞在任国务总理时决定对湖南用兵。第一路军前线总司令是第三师师长吴佩孚，连续攻克岳州、长沙，直至占领衡阳，段祺瑞对吴佩孚有功不赏，却任命没有任何战功的皖系将领、第七师师长张敬尧为湖南省督军兼省长，这是段的失策。吴佩孚内心不满，1918年8月21日致电当时的大总统冯国璋，要求停战主和。9月26日，由吴佩孚率领衔联合南、北两军将领通电主和。此时，吴佩孚成了皖系和主战派最痛恨的人物。
吴佩孚，字子玉，山东蓬莱人。幼年丧父，天资聪慧，专心读书，1896年考中秀才。不久，县邮政局长祝寿办堂会，请来戏班，男女同台演戏，吴认为伤风败俗，邀了几名青年大闹堂会。县太爷追究闹事者，遂逃离家乡，流落北京，在崇文门外摆卦摊、写春联糊口为生，恰遇堂兄吴亮孚，劝他投军。1898年到天津武卫前军当一名戈什。庚子战乱，武卫前军溃败，吴佩孚又回到北京。1904年到天津投奔巡警营，仍当戈什。他的上司发现吴有学问，保送开平武备学堂学习。1903年袁世凯选一批学生包括吴佩孚随袁的日籍顾问守田赴东北做谍报工作。日俄战后，吴调派第三镇任管带，驻防长春。民国后，第三镇改为第三师，师长曹锟，吴任炮兵团长，1913年左迁为师部副官长，从此成为曹锟形影不离的亲信。吴深知带兵重要，向曹锟请求带兵，曹任吴为第六旅旅长。袁世凯称帝时，调第三师入川镇压蔡锷的护国军。吴打败护国军，袁授予吴陆军中将衔，段祺瑞讨伐西南，曹锟为总司令，任吴为第三师师长。
吴佩孚率领的直军于1920年5月20日从湖南撤军。段祺瑞认为直军撤防必然有一场你死我活的战争，段先发制人，要以吴光新做河南督军，从郑州堵住直军北撤，然而徐世昌仍不同意河南易督。段又采取声东击西的策略，借口向陕西出兵，在河南堵截直军的归路。不料，张作霖听到这个消息，借口边防军出动，京城防务空虚，要求奉军进京拱卫京师。所以段只好放弃堵截吴军北归的计划。6月7日，吴佩孚抵郑州，13日致电反皖各省督军称：反对安福系包办上海和会，建议召开国民大会。这个电报是个爆炸性新闻，任何督军都不会接受的，张作霖看了大为生气，曹锟看了也摇头，在北方反皖各省引起很大反感，只是由于直、皖形势紧张，只好隐而不言。
直军开到河南，北方风云为之变色，奉军为了避免皖系的注意，三营五营地陆续开进关内，又将驻独流河镇的四营奉军经天津进驻廊坊。曹锟则派兵监视德州兵工厂，并以德州为直军右翼前哨阵地。6月15日，直、奉等省督军代表，在保定召集军事会议，皖系也在加紧备战活动。段密令驻济南的边防军第二师师长马良作好动员作战准备。
直、皖两系战争已经到一触即发的时候，大总统徐世昌为避免发生战争，尽力挽救危局，三次电召曹锟、张作霖、李纯三位巨头到北京会商。李纯称病婉辞，派参谋长何恩博为代表来京，曹锟借口第三师回师布防，无法分身，不能来京。而张作霖接到电报，觉得这是以调人的身份联直倒皖的大好机会，于是，19日起程，由两连卫队护卫乘专车抵京。北京军政高级官员均往车站迎接。安福系希望张作霖保持调人的立场，不要倒向直系一边，为此对张来京欢迎极为热烈。安福系的交通总长曾毓隽在奉天会馆大兴土木，粉饰一新。作为张的行馆，张作霖却不予理会，而是下榻在化石桥的奉军司令部。
6月20、21两日，张作霖两次晋谒徐世昌，向徐提出以靳恢复国务总理和撤换安福系的李思浩、曾毓隽、朱深三总长为调停方案。徐表示赞同，并请张去劝说靳留任。张去棉花胡同靳宅，劝靳销假，不要再坚持成见，靳表示自己属段派。当前政局微妙，自己置身其中，处境困难，再干下去，必无良好后果。张作霖同情靳的处境，放弃要求靳复职的努力。
这天，徐树铮和安福系的主要人物在曾毓隽私邸举行会议。分析张作霖进京调停的局势。他们乐观地认为：张作霖进京作调人，表明奉系不会依附直系，只要张作霖严守中立，皖系战胜直系就有把握，他们提出以推选张作霖做副总统做为交换奉系中立的条件。从张作霖进京，谢绝下榻奉天会馆，徐树铮拜访张又吃了闭门羹，可以看出张作霖对安福系的疏远态度。但是皖系好像并不了解直、奉等省早已结成反皖同盟，所以做出了错误的判断。
6月22日下午，张作霖偕同张景惠等部属以及苏、鄂、赣、豫、绥、察、新（疆）等省、区代表乘车前往保定与曹锟磋商。当晚，曹锟、张作霖、吴佩孚及各省代表开会讨论解决时局方案。
吴佩孚发言措词强烈。他说：“国是如斯，佩孚身为军人，食国之禄，保国之责，义所难辞。部下士兵虽不敢谓久经训练节制之师，但亦颇知大义。”如果安福系“不顾国家，徒以破坏大局为事，佩军虽能容忍，诚恐部下义忿，亦难压抑”。张作霖见吴佩孚慷慨陈词，侃侃而谈，满口内忧外