正是在这种要求独裁、反对民主的气氛下，大会藉口防止敌谍汉奸活动、提高工作效率、增强抗敌力量，决定将国民党两个御用的特务组织加以扩大，各自组建独立的组织。以原中央组织部调查处（即特工总部）为基础，成立国民党中央执行委员会调查统计局，其活动范围以党政机关、文化团体和大中学校为重点。以原复兴社特务处为基础，成立国民政府军事委员会调查统计局，其活动范围以各级部队、各军事学校、各军事机关为重点。这两个特务组织的任务均是对共产党员、进步人士、革命群众以及国民党内不满蒋介石独裁统治的人进行调查、监督，炮制黑名单，配合军警进行逮捕、关押、审讯、杀害等。中统局以中央执行委员会秘书长朱家骅任局长，徐恩曾为副局长；军统局则让蒋介石侍从室主任贺耀祖任局长，戴笠为副局长。
蒋介石所走的这着棋实际上是对陈立夫的分权，使他能对两个特务组织统而羁之、分而控之。同时，为了不让陈立夫因领导特务组织时间太长而基础盘根错节，甚至连新成立的中统局局长也没让他担任。对此，陈立夫心中颇为不满，却又不敢有所流露，当有人和他谈起新成立的两个特务组织时，他还装出一副满不在乎的样子说：“每个人有两只眼，两只耳。作为领袖的耳目，也应有两个，兼听则明嘛。”话虽如此说，在其内心深处，对蒋介石的分权行动，却藏着一股深深的哀怨之情。
当然，陈立夫也有高兴的一方面，他们兄弟俩多年苦心经营的特务组织如今也成了堂堂正正的国民党的正式机关了，这与当年的“私生子”特工总部显然是不可同日而语了。虽然局长的宝座由朱家骅登上，但副局长是他的亲信徐恩曾，整个班底基本上还是他们的人，中统还在他们的掌握之中，想到这些，心中又不禁多了几丝安慰。
朱家骅虽然当了中统局长，但他又是中央执行委员会秘书长，秘书处的事务繁多，再加中统局这边没有他的班底，所以，局内诸多事务都交由徐恩曾办理，而徐恩曾又惟二陈之命是从，这样，中统局内的人事安排完全在陈立夫的一手干预下进行。
在陈立夫的指挥下，中统局内的组织机构逐步建立起来，局下主要设有三组、三处、五室、四会。
三个组按番号排列，相当于其他机关的处。
第一组，主管情报、资料、档案、文牍及总务，特别是对共产党情报、资料的收集和研究。下设情报科、秘书科、资料室、档案室以及总务科。
第二组，主管党派（主要以反共为重点，其他进步党派、团体组织也为工作对象），另外，对反对帮会、宗教团体及盗匪扒窃集团，日伪汉奸的工作，也属其范围。下设四个科室分管。
第三组，主管特务组织的训练和对外工作。初设四个科，后缩减为三科。
三个处为：
经调处，即经济调查处，其任务主要是调查解放区经济和日伪经济。
交通处，主管全国“中统”的电台、电讯器材、通讯以及沦陷区的交通，特别是通往解放区的特务秘密交通。
统计处，主管中央党部各部处和中统局的各项统计。
当时考取北洋大学的陈立夫，是抱着要为国家的昌盛而奋斗的，可当他进入国民党与蒋介石为伍时，当年的雄心壮志抛至脑后了。五个室为秘书室、人事室、机要室、会计室、专员室。
四个会即训练委员会、纪律审查委员会、海外工作委员会、党网建立与运用委员会。
除此外，按国民党中央的规定，在各省、特别市及铁路党部内设立调查室，作为该省、市、路党部的一个组成部分，但陈立夫指使中统局将原来各地的特务室改为调查室。这样，就把各地调查室也置于中统局的领导与指挥下。另外，还有直辖于中统局的重庆实验区，直接指挥重庆地区的特务活动。
朱家骅原本也属CC派的人，但他与二陈不是隶属关系。他因与戴季陶的私人情谊而得宠于蒋介石，同时他也属于江浙地域圈圈里的官僚。他在任中统局长后，开始还不太管事，不久，便雄心勃勃地干起自己一套来。他以局长的权势，先后在局本部及各处室安插了一些他自己的人，以便逐步排斥二陈的CC派。如局本部秘书刘次箫、特经处长陈介生、统计处长郑尧柈、专员胡祥麟等。不久，中统局内职位较高的人员中，朱家骅派的人占了一半以上。1942年，朱家骅在担任了国民党中央组织部长以后，曾对各省市党部的CC分子加以清洗。
朱家骅自立门户的野心使二陈十分不安。二陈原先对朱还是比较信任的，陈立夫担任“大本营第六部”部长时，每逢召开重要会议，都邀请朱参加，并请他讲话，关系十分密切。现在，二陈看到朱家骅来者不善，也就不顾情面了。陈果夫曾对此大发脾气：“朱骝先太不像话，怎么单对我们的人开刀。而我们人中也有些失节之徒跑到朱家，真是人心大变。”二陈发动CC派对朱家骅进行全面攻击，并不予合作，同时，二陈还向蒋介石推荐CC重要骨干郭紫峻、顾建中担任中统局副局长，以架空朱家骅，后来，朱被迫离开