中山舰事件。蒋介石通过这一事件，左右开弓，一石两鸟，一方面打击了中国共产党，另一方面也降低了他的政敌汪精卫的威信。陈立夫在这一事件的整个阴谋中，一直参与其事，充当了极不光彩的角色，正如周恩来所说：“张静江、陈立夫都于1926年一二月回到广州，同蒋介石进行勾结，挑拨国共关系。这就是3月20日中山舰事变的远因，也是3月20日事变以前的政治形势。”
陈立夫在中山舰事件中所表现出来的对蒋介石的忠心，顽固的反共态度，极端仇视共产党的心理及在复杂事变中的诡计多端，都深深获得了蒋介石的赞赏，蒋介石事后在日记中写道：“今日方知孤臣孽子操心之危，处境之苦，若非亲历其境者决非想象所能及其万一也。”可见，蒋介石是以孤臣孽子来称许陈立夫的。
北伐开始后，陈立夫被提拔为国民革命军总司令部秘书处秘书兼机要科长，当时秘书长为邵力子，处长为马文车。陈立夫对工作十分认真，凡是蒋介石签发的文件如布告、委任状、训令、指令、代电等，他总是逐字逐句地从头到尾阅读一遍，然后交监印员盖上大印。他对下属科员要求严格，管束严厉，监印员姜辅成因受不了军事约束，便以女儿要出嫁为由，向陈立夫提出辞职，陈立夫不予同意，并慷慨陈词，要姜辅成献身革命大事，舍其家庭小事，还许愿说：“我们不久就可以打下南京，到时你请假回去，不耽误你女儿的喜期。”以后，姜辅成再也不敢提辞职的事了。每到一地，陈立夫总要召集部下训话，要求机要科人员要精心保管好印章、文件等物品，以免战乱中受到损失。
陈立夫的工作态度和作风，令蒋介石刮目相看。不久，蒋介石让他主管整个秘书处的工作，这样一来，陈立夫便成为蒋介石高度信任的心腹而不离其左右了。这也为他今后的飞黄腾达铺平了道路。
陈立夫从实业救国、技术救国的迷梦中醒来，却又开始了另一场违背道德与良心的政治梦，他原来立下的做一个正直的知识分子的理想已发生异化，从此，他便长期跟随蒋介石，参与重大事情的策划谋略，成为国民党新右派的主要干将。后来，陈立夫写了《一个学非所用的采矿工程师之自述》的文章，文中，他对自己放弃工程技术而从事政治有所遗憾，但更多的却是溢于字里行间的得意之情。
1926年5月初，陈果夫因上海事务已告一段落，与三叔陈其采及曾养甫3人一行奉蒋介石之命到达广州，陈立夫与哥哥见面了。这次见面有十分特别的意义。兄弟俩多年来为自己的事业各奔东西，一个远走海外求学，一个从事职业政治，可谓兄弟殊途。现在陈立夫绕了一圈后，依旧与其兄走到了一起，同在一个地方，同在一个国民党内，同时都从事政治，可谓是异路同归。从此，兄弟俩携手从政，一起办党，成为国民党内红得发紫的人物。于是，国民党便从蒋家天下丁家党的年代跨入蒋家天下陈家党的时期。理想发生异化
初夏的广州，满城青翠，满城骄阳，革命的热潮也同季节一样，日益高涨，日趋火热。而以蒋介石为代表的国民党右派十分仇视革命力量，也在暗中加紧策划，随时准备反扑，国共两党的合作面临严峻的考验。
5月15日至22日，国民党二届二中全会在蒋介石的主持下召开，刚到广州的陈果夫也参加了会议。这次会议通过了由蒋介石提出的旨在限制、打击共产党的所谓“整理党务案”，文件无耻地宣称“五人深信整理党务案必能得一切革命党员之承受”。根据此案，选举了蒋介石的盟兄张静江为中央常务委员会主席，蒋介石取代谭平山当上了中央组织部长并兼任新设的军人部长，邵元冲为青年部长，顾孟余取代毛泽东任宣传部长，甘乃光取代林伯渠任农民部长，叶楚伧取代刘伯垂任中央秘书处书记。这样，在国民党中央党部完全排挤了共产党人，蒋介石等新右派篡夺了国民党中央的重要领导权。
这时，国共两党之间的斗争十分激烈，为了应付复杂局面，蒋介石极需一个得力的反共人才，为此，谭延闿向蒋介石推荐了陈果夫。他说：“果夫有办法，”这正说出了蒋介石的心里话，他对陈果夫是了解的，过去同在上海办交易所时升降沉浮的经历，创建黄埔军校时陈果夫在上海为其网罗人才的功劳，都使蒋介石不能忘记，他深深信任陈果夫，很快，便任命其为国民党中央组织部秘书，实际上将组织部全权交授与他，由其接收组织部，具体实施“整理党务案”。
对于蒋介石反共的“整理党务案”，中国共产党的主要领导人陈独秀却推行右倾的投降主义，采取妥协退让的政策，致使国民党右派分子纷纷进入国民党中央领导机关，陈果夫也十分顺利地接收了组织部。
陈果夫能够十分顺利地进入国民党中央组织部，还有一个重要的原因，就是他的伪装还没有撕破，右派面目还没有完全暴露，据陈果夫自己说：“我能顺利接收，要追溯到过去两年的情形。当十三年本党改组以后，已呈分裂现象，那时我对党务，未加闻问。后来奉蒋先生之命，在沪担任招募及黄埔后方勤务工作，因为职务需要与各方面接触，纯粹本党同志与跨党分