于是，特务们纷纷行动，采取各种方式进行调查、侦探、登记，致使全国大约有6万多人列入黑名单。仅10月1个月，在上海等8个城市就有2100多人被杀害，如浙江大学学生自治会主席于子三就于10月29日被杀害于狱中。因浙江大学是京沪杭地区学生运动的重要阵地之一，陈立夫对浙大十分注意，他多次电令CC派骨干，国民党浙江省党部委员罗霞天将浙大作为重点破坏目标。罗霞天认为于子三是个重要人物，将他搞掉，可以给共产党以重大打击，于是，派出特务将于子三逮捕，并在浙江省保安处秘密杀害。1948年，中统天津区长郭乾辉向“特种会报”提供黑名单，并参与行动，在南开大学逮捕进步学生10多人。中统四川负责人先大启向“会报”提供黑名单，一举逮捕进步人士30多人。1949年，中统特务先大启再次向“会报”提供黑名单，并派行动员陈国荣等参加行动，在成都逮捕石室中学教师刘骏达等多人。
这些恐怖的特务活动，都是由陈立夫幕后所指挥。他表面上道貌岸然，说中统已经解散，中国不存在特务政治了，实际上，特务政治一直伴随蒋家王朝走向穷途末路，而且越是到失败之际，越是作困兽之斗。“中央党员通讯局”这块招牌无论怎样冠冕堂皇，也掩盖不住中统犯下的罪恶。
资本输光了
1948年，中国形势发生根本性的变化。人民解放军在全国范围内发起更大规模的攻势，国民党军队被迫由“全面防御”转为“重点防御”，分别龟缩在东北、华北、西北、中原、华东五个战场上而一筹莫展。同时，南京国民政府在经济上、政治上也陷入全面危机之中。在此情况下，蒋介石为了稳定人心，装出要“行宪”的样子，匆匆召开了所谓“行宪国大”，经过一番剧烈的明争暗斗，蒋介石当选为总统，李宗仁当选为副总统。陈立夫也居然当选为立法院的副院长，这年年底，他还兼任了行政院不管部部长，官运虽然亨通，只可惜蒋介石的政权已处于风雨飘摇中，他的高官也当不了几天了。
蒋介石当了总统，不得不玩弄一些“还政于民”的把戏，实施所谓“宪政”。但实施宪政后，国民党的党务经费就不能再在国库开支了，庞大的中央党员通讯局这个包袱太大，尽管陈立夫搞了些外延单位，最终不能解决根本问题。因此，党员通讯局不得不再次改组。
这时的陈立夫由于当上了立法院副院长，对党员通讯局的改组他积极赞成，并很快付诸行动。但对于中统这摊人马，他是绝对不会放弃的，他仍然采取上次的办法：换汤不换药，将中统想办法塞到行政部门去，以解决经费问题。陈立夫通过与中统骨干几次密商后，决定在内政部下设调查局，将中统组织全部塞进局内，而“中央党员通讯局”的名称仍然保留，只是成为一个单纯党务机构，而中统全班人马则从党通局移到内调局。
晚年的蒋介石看“光复”大陆的梦想遥遥无期，聊度寂寞时光时，便又想起了那些曾经为他不辞劳苦的功臣们。这一计划提出后，即得到内政部长张厉生的同意，在立法院讨论时，陈立夫吸取上次搁浅的教训，这次他以立法院副院长的身分，动员了一些CC派及与CC派亲近的立法委员施加影响，才勉强通过。
1949年5月，内政部调查局在广州正式成立。其局本部及下属各级分支机构的官员和工作人员，均由陈立夫一手安排。
内政部调查局按规定设局长一人，陈立夫便委派老牌中统特务季源溥担任；副局长一人，陈立夫原准备让党通局副局长王保身担任，但后来内政部长张厉生下台，李汉魂当了部长，他也想插一手，便推荐桂系的张益民任副局长，陈立夫为应付新的形势，只好答应。局本部设四处二室：第一处为指导处，处长张庆恩，副处长朱凌云，第二处为研究处，处长徐政，副处长黄九成；第三处为交通处，处长苏恕诚，副处长袁更；第四处为总务处，处长陈庆斋，副处长朱韵涛；人事室主任李裕德；会计室主任王大光。
局本部建立后，分别在各省市设立调查处，规定各调查处设处长一人，副处长一人，秘书一人，调查处下一般设三个科，分管与局对口的各种事务。另外，还在贵阳、重庆、海口、华北、台湾五个地方设立了办事处。内政部调查局就这样开张了。
内调局可以说生不逢时，它成立的时候，人民解放军已经打过长江，南京宣告解放，各路大军正向中南、西北、西南各省胜利大进军，迅速消灭残余敌人，解放广大国土，在这种情况下，广州城里一片混乱，国民党大小官员都在打点行装，纷纷准备飞台湾、跑香港、逃海外。陈立夫在这乱世之中，所能做的工作也只是收拾残局了，因此，内调局成立后，其主要工作，便是着眼于大陆解放后的潜伏和破坏活动。
陈立夫在与内调局长季源溥反复商量策划后，主要办了三件事：第一，派第一处副处长朱凌云到香港去，筹办潜伏特务训练班，他们计划以香港为据点，陆续派特务到这里受训，训练后再派遣回大陆实施破坏。第二，派中统骨干黄雨青到华北去，与当地中统特务取得联系，准备在绥远或者