社员股金进行集中管理，1936年，国民党实业部公布了《合作金库规程》，规定各地合作社可以建立金库组织，专门管理社员股金。
鉴于全国合作的发展，社员股金的日益增多，陈果夫便想将散处在各地的合作金库统一进行管理，使之集中起来，形成一笔巨大的财富。因此，当陈果夫于1940年担任中国农民银行的董事后，便与其弟陈立夫商量，拟将各地合作金库统一由农民银行进行管理。1941年12月5日，在国民党五届九中全会上，陈果夫、陈立夫联合CC派人物潘公展、程天放、赵棣华等人提出了《拟请切实改善合作金融发展合作事业以奠定抗战建国之社会经济基础案》，该案指出：“我国推进合作运动已22年，组织单位已相当普遍，现并实施县合作社组织大纲，行将见每乡镇每保均有合作社之组，以与地方自治之工作相配合。……但合作事业以合作金融为命脉。如合作金融不能适应合作事业之需要，及配合合作行政之方针，则合作组织对于抗战建国之机能，势必大受其限制，而不能充分发挥。”因此，陈果夫等建议，尽快成立中央合作金库，“将现有各行局所办之合作贷款业务，加以调整与补充，此时需要更为迫切，理应切实付诸实施”，并要求：“中央合作金库成立后，应即于各省成立省合作金库，于各县成立县合作金库，运用金融力量，促进合作事业之发展”。该案还对中央合作金库的资本、职能、体制等都作了规定。由于当时陈果夫刚刚插手金融，在金融界还没有形成大的实力，因此，在金融界各方势力反对下，此方案没获通过。
1945年10月陈果夫当选中国农民银行董事长后，多次向蒋介石提出建立中央合作金库的建议，于是，国民政府采纳了陈果夫等搁置了五年多的提案，决定设立中央合作金库。1946年11月1日，中央合作金库正式在南京开业，陈果夫被任命为合作金库理事长，其亲信寿勉成为总经理。在开业典礼上，陈果夫向大会致词，他再次强调：“合作制度，是资本主义及共产主义两端中间的一条中庸大道，它调合着公利及私利、公有和私有，公营和私营，而且具有计划统制之长，而无其短，所以是实行三民主义社会经济的康庄大道。”在大谈了合作制度的所谓优越性后，陈果夫也看到，他的中央合作金库刚刚成立，要与孔祥熙、宋子文的国家银行一比高低，谈何容易，因此，他告诫大家：“机构成立伊始，组织既没完备，运用自难裕如，在短期以内，恐怕难以满足各方的希望”，他要合作金库的全体员工，参加股金的合作社员，“必须抱着如临深渊、如履薄冰的心情，来担负这一历史的任务。”
陈果夫为什么对合作金库如此感兴趣，愿花如此大的精力去经营它呢？按道理，他既当上了中国农民银行的董事长，手中有了这个全国性的金融机构，应该说是满足了，现在再成立一个合作金库，岂不是多此一举吗？实际上，陈果夫与陈立夫办中央合作金库，自有他们自己一番周到的考虑。
首先，二陈想在金融上压倒孔、宋。当时全国中央级的金融机关有6个，二陈已控制了中国农民银行，交通银行的总经理已由陈果夫的亲信赵棣华担任，中央信托局的局长也换上了CC派人物，现在再成立一个中央合作金库，那么四行二局一库这7个中央级金融机关中，二陈便占了4个，其发展趋势足可以超过孔、宋，俨然成了蒋介石控制金融的红人。
其次，二陈需要更加自由地进行经济活动。他们虽然控制了中国农民银行，有了金融优势，但农民银行有一个“农”字，尽管二陈不受此限制，已经将其业务扩展到其他领域，但总觉得不那么自由，不那么方便。特别是反对他们的政敌，总爱抓住农行进行越轨业务的把柄，而对他们实行攻击，这使二陈总得时常提防，心里总不太舒服。现在建立中央合作金库后，就大不相同了，合作是没有什么限定的，农业可以合作，工业可以合作，金融、商贸、保险、加工、交通运输等，都可以合作，只要能够赚钱，合作金库就可以毫无限制地参与，比农民银行显得更加自由、更加方便。此时，正处于解放战争时期，社会秩序比较混乱，陈果夫不敢明目张胆地用农民银行来做违法的事，便利用中央合作金库大肆套购物资，搞投机倒把活动。如在东北，陈果夫利用合作金库的资金大量抢购大豆，在长江流域，则抢购布匹、粮食等物资，并在各地建立很多仓库，囤积居奇，以获取高额利润。1948年底，陈果夫在中央合作金库内成立了“辅盛盐号”，刚开始，想专门做盐生意，以和“中和盐号”互相补充，后来，陈果夫看到黄金买卖更可以骤致暴利，“因此辅盛盐号后来干脆就放弃原定计划而成了买卖黄金美钞的一个机构。它所用的资金就是以盐名义向上海分库借来，再于运用之后如期归还金库。这基本上是一种偷天换日借公济私的办法”。能够毫无顾忌地进行倒买倒卖、投机倒把的经营活动，以获取暴利，这是陈果夫办中央合作金库的又一重要原因。
中央合作金库成立后，陈果夫为了迅速形成一个遍及全国各地的金融网络，他开始了紧张筹备分库的活动。首先，他在上海成立了分库和信