蒋介石对CC的失势，面露欢颜。真是几家欢乐，几家愁呀。这次高校大迁移，涉及全国几十所高校，在“天地军麾满，山河战角悲”的战争年代，在交通极其困难的条件下，数万名师生员工和家属及若干吨的图书资料、仪器设备的大搬迁，是极其困难的。沿途，日寇的飞机狂轰滥炸，师生们跋山涉水、风餐露宿，辛苦之极，财产的损失、经济的浪费、人员的伤亡，难以计数。在整个内迁过程中，身为教育部长的陈立夫在连天的炮火中南来北往、东奔西走，察看校舍，询问校情，慰问师生，解决困难，历尽种种艰辛。有一次，从武汉撤出，当时有两条路可走，一是走水路到洞庭湖；经长沙到贵阳，再到重庆，一是乘飞机直飞重庆。当时陈布雷约他坐船走，而且送来船票，而陈立夫晚上做了一梦，梦见天上一只老虎跳下咬他，象征虎（祸）从天降。陈立夫从来不信迷信，但他第一想法是不走水路，于是坐了飞机到重庆，不料不久就接到电报消息说，洞庭湖上那艘船被敌机发现，以机枪进行扫射，陈布雷万幸脱险，而陈立夫的那个床位正好遭子弹扫射，如果坐了船，则已一命呜呼。在陈立夫的不懈努力、教育界人士的共同协助、广大学生的积极配合下，这次离校内迁的艰巨任务终于得以胜利完成。
这次高校内迁，保存了中国教育的精华，并改变了原来高校布局不合理的状况，促进了西南、西北落后地区文化教育的发展。安稳人心
非常时期的教育部长是难当的，一是战乱遍地，家国破碎，人心惶惶；二是突然换了教育部长，而且是从事党务和特务工作的人，今后教育界难免党化和特务化，人心也惶惶。
陈立夫深知处此非常时期，不能按常规办事。因此，上任第一天，首先得稳定教育部大小官员、工作人员的人心。在发表就职演说时，陈立夫特别强调：“凡是愿意干的，我都留用。留任的概不更动，已去职的位置物色适当人才补充。”他还说：“我过去受任中央党部秘书长时，只带了一个秘书，我自己从不分人我，人家的人自然也可为我所用。”一席话抚慰了部属的惶恐之心，免去了大家的疑虑之情，起了很大作用，保证了事务、行政的稳定性和连续性。
当然，陈立夫并非完全像他所说的那样，用人唯才，一秉大公，在关键职位上，他还是任用自己的亲信，他认为有些主要职位，都与将来教育政策的制定和执行关系重大，为从全局出发，必须用自己信得过的人。
老教育部长朱家骅离任时，带走了两位次长和两位司长及主要秘书，这一空缺怎样补上呢？陈立夫认为这是重要职位，便任命曾担任过浙江省教育厅长、交通部和内务部次长的张道藩为常务次长，任命曾担任过河南省政府秘书长及国民党中央党部秘书的张廷休为简任秘书。对此，陈立夫并不掩饰他的派系色彩，他公开说：“这两位都是与我共事较久的同志，他们都曾担任过大学教授，也是教育界知名人士，把部内日常事务交给他们，我完全放心。”只是，陈立夫拉来教育部任职的党方人士并不多，所以，并没引起教育界的微辞。
另外三个职位，因并不特别重要，陈立夫则从教育界选择。经慎重考虑后，陈立夫任命清华大学工学院院长顾毓秀教授为政务次长，复旦大学教育系主任章益教授为总务司长、北京大学教育系主任吴俊升教授为高等教育司长。这样一来，教育界人士有所释疑，当时蒋梦麟就说：“自从教育部的新人事发表以后，我们知道陈部长系纯粹从教育的立场来主持行政，大家都放心了。”
对于司以下的官员，陈立夫一般不插手，而是各主管部门保荐，由陈最后核定。这样，既可避免部外的人情委托，也可发挥下面主管部门的积极性。
由于以上措施，稳定了部内人心，使得陈立夫在以后7年教育行政管理中进展顺利，有所成就。
其次，要稳定全国教育界人心，也就是要统一思想，消除混乱。当时，处在抗日战争非常时期，问题很多，但重要的如陈立夫自己所说，“面临极需解决的有两大问题：第一是战区逐渐扩大，学校员生不能原地进行教学，纷纷内迁，流亡在途，除需紧急救济外，此等学校，是继续按原来规模办学，还是紧缩归并？此为‘量’的问题；第二是抗战前夕，即有人高唱‘实施国难教育’，完全改变平时教育的性质，一切课程及训练，均以适应军事需要为前提，因此极须在平常教育与战时教育两者之间作一选择，这是质的问题”。
关于量的方面，即学校是缩减还是发展的问题。国民党一些官员认为，现在正处于战争非常时期，一些学校已被破坏，一些学校迁徙流亡，干脆停办。而且国民政府资金有限，应把有限的资金全部投入战争，争取战争的胜利，缩减一些学校可以节省资金，支援战争。另外，抗战需要大量兵源，学校缩减停办，青年学生可以参军参战。因此，他们主张：“高中以上学校除个别与战事有关者外，为配合抗战，均应予以改组和停办，俾员生应征服役，捍卫祖国。即初中以下学生未及兵役年龄，亦可变更课程，缩短年限。”
陈立夫不赞成这种主张，他认为即使在