此时，帝国主义完全站到了袁世凯一边，“英租界当局忽然与袁氏沟通了，派了军队越界，趁我们子弹还没有补充的时候，把我们的枪支都缴了去，这是当时最使人痛心的一件大事”。这样，上海完全为袁军所掌握。陈其美与蒋介石曾到宁波运动军队，似以宁波为根据地，也没有成功。至8月13日，终以失败而结束，这是一场叫人不能甘心的失败。
这次讨袁失败，使上海革命党人的士气大为消退，一些原来十分坚定的革命者，这时也沮丧不已，有的悄然离去，有的从此缄口不谈革命。“数千人中间，始终如一的不及百分之一”。而陈果夫却并没有被袁世凯的汹汹气焰所吓倒，他革命的意志愈加坚定，与陈其美一起，继续从事反袁斗争，密谋待机而起。
孙中山先生逝世后，汪精卫投敌卖国并建立伪国民政府，与蒋介石的南京国民政府形成对立。打好革命开端的枪声
全国反袁失败后，到处是一片白色恐怖。孙中山、黄兴、陈其美等人被扣以“乱党”名目，严令通缉，他们只好再一次逃亡日本，其他一些反袁重要人物也成为袁世凯缉拿的对象。
陈果夫由于在“二次革命”中的表现，他的行动也受到袁世凯侦探的注意，因此须格外小心。有一次陈果夫外出执行任务，发现有一个熟人追随自己不舍。这人原是陆中同学，后投靠袁世凯，充当侦探。当然，陈果夫此时并不知道此人已当侦探，只是觉得这人鬼鬼祟祟，十分可疑，大意不得。他立即作出决定，摆脱此人的跟踪。此时，刚好一辆电车过来，他忙跳了上去，待电车驶出一段距离后，又跳了下来，这样，终于摆脱了侦探的跟踪，脱离了危险。
陈其美随孙中山赴日本后，继续坚持斗争，“东渡以来，日夕共谋，非欲雪癸丑之耻，实欲竟辛亥之功”。他协助孙中山组建中华革命党后，于1915年从日本回国，以便从运动海军人手，掀起更大的反袁高氵朝。这样一来，陈果夫与二叔再次见面。在陈其美主盟下，由周炎游介绍，陈果夫正式加入中华革命党，此后，他奉命负责联络通讯工作。
策划这次海军起义的行动，从一开始就不顺利，本来，已将停泊在黄浦江的“肇和”、“应瑞”二舰运动得相当成熟，万事俱备，只等一声令下。但袁世凯那边好像听到了什么风声，突然决定要将“肇和”、“应瑞”二舰调离上海。陈其美不能让煮熟的鸭子飞掉，临时决定提前起义，时间为12月5日。
据陈果夫回忆：
我当时是专负联络通信，及内部抄写等工作。“肇和”舰的布告及陆上举事的布告，就是我担任抄件的一部分。命令发出后，大家在渔阳里候消息。忽然孙祥夫回来报告，士兵半数已上船，还有一半为巡捕干涉，不能上去，请示方针。二叔这时担任总司令的职务，嘱我和周炎游随孙祥夫同去，召集所部，设法上船，务必达到任务。我们同到孙的寓所，才知孙部因为纪律不严，没有上船的纷纷作鸟兽散，亦有在附近沐浴的。正在召集时，“肇和”舰的第一炮已放，孙一面焦急，一面羞愤，意欲自杀。我同周同志竭力劝阻，并归报总司令。总司令正准备出发，临行口号命令，要我和周同志协助，仍须达成任务。可是我们虽多方设法，一因江面戒严，行动不便，二因星期不易租得船舶，不能上“应瑞”舰。只好命孙集合全部人员在寓所候命，一面归报总司令。此时，总司令和参谋长蒋先生亲到南市督战，因为我陆路攻击部队，未能占领警署及其他目的地，乃由水路乘小船回法租界，约十一时左右到达渔阳里五号寓所。
这时，陈其美、蒋介石、邵元冲、杨沧白、吴礼卿等人正在楼上开会，由于已进入严冬，外面北风呼啸，天气极冷，开会的同志冷得两脚直跺，陈果夫便下楼来准备生火取暖。忽然有人打门，他开了门，只见门外站着五个凶狠的巡捕，均以手枪对着他的胸口，不准他乱动。陈果夫想到楼上开会的革命党人，必须拖住巡捕，不能让他们冲上楼去，他急中生智，作出种种响声，如“撼窗作声，排门作声，以脚勾倒椅几作声，以引起楼上的注视”。
正在着急的时候，另一革命党人俞剑光恰从前门进来，陈果夫即挥手示意，但为巡捕察觉，即有两个巡捕向前门追去，楼上开会的蒋介石的两个儿子都已在政坛初露头角，为蒋家势力能绵延千秋万代，蒋不道余力地去除异己，陈家便是其一。人听声音有异，又见巡捕追着捉人，于是一个个都越屋而逃，等巡捕再上楼搜索，开会的人全部逃光，巡捕扑了一空，毫无所得。便将陈果夫关在屋后面的亭子间，陈果夫看清巡捕只扣了门而没有扣窗，待巡捕出去后，便从窗门跳出，免遭衙狱之苦。
“肇和”舰上的官兵不知外面情况，仍按预定计划行动，昂首的大炮褪去炮衣，向制造局方向吐出阵阵火蛇，隆隆的炮声成了指挥令，催促着革命党人去战斗。陈其美等革命党人以为占领了“肇和”舰，便命令市区发动起义，以响应肇和舰，于是陆路纷纷举义。
下午，起义仍在进行。为了便于指挥，陈果夫随二叔陈其美及参谋吴忠信冒险从租界出来，回到华界，但此时，市